Pierwszym ośrodkiem duszpasterskim w Białej Niżnej była kaplica pw. św. Dominika przy klasztorze Sióstr Dominikanek, zbudowana w latach 1935-1939 wg projektu architekta Zenona Remiego. Od 1944 r. kaplica pełniła funkcję kościoła dla sióstr i mieszkańców wsi.
Dnia 30 listopada 1980 r. została erygowana Parafia Matki Bożej Różańcowej i św. Dominika. Dnia 15 października 1992 r. bp Józef Życiński, biskup tarnowski, przekazał parafię w Białej Niżnej pallotynom i polecił wybudować nowy kościół.
Budowę kościoła rozpoczął ks. proboszcz Tadeusz Łojas SAC. Obecny kościół parafialny wybudowano w latach 1992-2000 wg projektu Stefana Szewczyka. Dnia 9 kwietnia 1997 r. bp Józef Życiński nadał kościołowi tytuł Miłosierdzia Bożego. Kamień węgielny poświęcił Jan Paweł II w Zakopanem 7 lipca 1997 r.
Pierwszą Mszę św. w nowym kościele, będącym jeszcze w stanie surowym, odprawiono w uroczystość Bożego Ciała w 1998 r. Dnia 1 października 2000 r. bp Władysław Bobowski wmurował kamień węgielny i poświęcił kościół.
Witraże w kościele zaprojektował Fryderyk Hunia, a wykonane zostały w Pracowni Witraży Krzysztofa Paczki i Andrzeja Cwilewicza.
